「敵の目的、見ましょうよ」
　「ヒサゴプラン」、それは宇宙をボソンジャンプでつなぐという壮大な計画。
　ところが、それにもとづき建設されたコロニーが、
　正体不明機によって破壊されるという事件が続発していた。
　その調査をするため、試験艦ナデシコｂはコロニー「アマテラス」を訪れる。
　艦長は１６歳のホシノルリ宇宙軍少佐。そして、テンカワユリカ提督。
　調査を進めているうちに、さまざまな事実が浮かび上がってくる。
　その時、謎の黒いマシンがボソンジャンプで出現し、
　アマテラスの攻撃を始める。
　さらに、時を同じくして、“火星の後継者”を名乗る集団が正体を現し、
　コロニーを掌握する。 　混乱する事態。
　だが、ユリカは余裕とも言える笑みを浮かべて言った。
　「敵の目的、敵の本当の目的、見ましょうよ」

the Milkyway Accident
　“火星の後継者”による火星占拠を受け、
　宇宙軍はナデシコｃを火星に派遣すること決定した。
　極秘任務のため、かつてのナデシコのクルーを参加させることになり、
　ユリカとルリはクルーを集めることになった。
　木連との戦争終結後、ユリカはテンカワアキトと結婚した。
　だが、新婚旅行のシャトルの事故で、彼と死別していた。
　追憶の日々。かつての仲間と会うたび、懐かしい記憶がよみがえる。
　その最中、ユリカは”火星の後継者”の実行部隊に襲われる。
　そこへネルガルのシークレット部隊が登場し、ことなきを得た。
　だが、その時機の良さにユリカは疑惑を抱くのだった。

「私はミスマルユリカだったんですよ……」
　ナデシコｃのの受け取りのため、月へ向かうユリカとハーリー。
　ハーリーはナデシコｃとの接続実験中、ある事実をつかむ。
　一連のコロニー破壊へのネルガルの関与。
　謎の黒いマシン、その母艦である戦艦は、
　ここネルガルの月研究所で作られたものだった。
　ユリカは単身で秘密の区画に侵入する。
　そして、彼女はすべてを知る……すべての過酷な事実を。

　ルリと合流したナデシコｃは火星に向かう。
　ルリとハーリーとによる”火星の後継者”のコンピュータ制圧によって
　敵の軍事能力は無力化され、首領である草壁ハルキは降伏する。
　だがその時、ナデシコｃ後方に７つのボソン反応が出る。
　さらに、それを待ち受けていたかのように、
　黒いマシンがナデシコｃ艦首上空に出現したのだった。
　そして、戦いが結ばれる。